大疫三年，山河疮痍，太医院院判沈砚之却因“误诊瘟疫”罪被褫职流放，嫡女沈秋棠强撑沈门，在复查疫病样本时发现惊天蹊跷——死者肺腑并无半分疫症痕迹，反有奇毒残留，未及深究，圣旨如寒刃降下，以“私通疫区，秽乱医纲”之罪将她逐出京城，她攥着残缺的《青囊补遗》，踏着北地风沙，在边城陋巷扎下医馆，以针线缝补流民伤口，以草药续垂危性命，成了边民口中“活菩萨”。
雪夜围城，浑身是血的戍边将军谢离被抬至医馆，高烧如烙，脉搏紊乱，竟是沈家失传的“逆脉针法”症候，沈秋棠以三针定魂，留下一剂“清心散”便策马离去，只当萍水相逢，谢离醒来时，掌心只余半截焦黑药渣，那缕清冷药香却成了他此后无数个深夜的执念——他是边关铁壁，亦是京中谢家幼子，当年父亲以“通敌叛国”之罪扳倒沈砚之,如今却总在梦中见那双执针的手。
边城瘟疫再起，症状与三年前如出一辙，谢离暗中查探，线索竟直指京中权贵，圣诏忽至，召回沈秋棠任御医，紫禁城深，她重遇谢离——他已是禁军统领，眉间戾气未减，看向她的眼神却藏着未尽的波澜，太医院暗流涌动，她以针为刃，破解“疫毒”谜团；他持剑护她，在朝堂权谋中步步为营，当她在宫人旧案中发现国舅爷私通药商、散播疫病的罪证,谢离的剑也指向了父亲当年的密信。
“我父亲欠你沈家的，我以命偿。”雪夜，谢离跪在沈家旧宅，积雪落满肩头，“可这些年，我暗中护你周全，不是为赎罪，是想告诉你——心上之秋，不必萧瑟。”银杏叶落满御花园时，沈秋棠将那剂“清心散”还给谢离：“毒可解，心结亦然。”医者仁心与将军铁血，终在乱世中酿成一剂良方，治愈了人心,也守住了山河。
